写在前边
1.最新版的NDK可以不用配置Cygwin
参考方法:NDK环境超级简单配置方式
2.有些在liunx或者mac下开发的源码项目可能有sh等脚本,个人认为如果使用这些东西,安装一个cygwin还是不错的
下边是转载内容,感谢作者
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cygwin安装
正确的安装步骤其实很简单：
1. 下载setup-86_64.exe
2. 直接从网上下载安装，选择包时，顶部选择“default”不变
3. 搜索make，勾选make，cmake，emacs-cmake,libjepg
4. Shells这个二级目录选择“install”
5. 下一步，开始安装
6. 安装完成后调用下make命令看下是否已经安装成功（其实最直接的是测试下ndk-build）
7. 上面提到的这些包一起，下载后的目录是82MB左右，下载了的话肯定是哪里配置错了，不需要那么多东西。结论很简单，不过我折腾的过程就有点心酸了：
1.坑爹的安装界面交互
下载setup-x86_64.exe，出现包选择的时候，我点击了下“default”，变成了“install”，那时我像，哦～应该是这样吧，然后我就点了下一步，结果我下了差不多半天，下完发现那个有2G多还是3G，什么乱七八糟的都给我下载下来了。
这个方法明显不对，所以我过段把下载完的东西全删了。
2.默认安装
其实打开setup-x86_64.exe后，选择包的那个界面，保持根上的那个“default”不动，就是默认安装，默认安装几分钟就装好了
3.缺什么包选什么包
默认安装后测试下make命令会发现，make都没有安装； 这个时候也好办，提示你缺什么包，你就回到setup-x86_64.exe，在包选择界面filter进行查找，然后勾选，下一步安装。
测试总结之后，我发现把这几个勾选上，基本的ndk-build已经够用了：
make，cmake，emacs-cmake,libjepg,Shells整个二级目录这些个下载下来的文件也就82MB多。
4.测试安装是否正常
因为ndk-build会用到make，所以安装完cygwin后，桌面快捷方式打开cygwin，然后测试下make命令，如果提示正常，那就是cygwin安装成功了。
5.不要装写没用的，用到什么装什么
cygwin安装成功的话setup-x86_64.exe是不会有什么错误提示的，如果你装的包越多，cygwin对系统的依赖也就越多，反而会出些不兼容的安装错误。
一开始的时候会提示一个bash错误，后面我发现是我装msysgit时带的bash冲突了，我就先吧msysgit卸载了再安装cygwin就好了。 然后重新安装msysgit时记得选择默认的bash选项：Git Bash only
网上还有文章说ndk编译需要依赖devel和editors，要是傻傻勾选了这两个包目录，那就有得你下载了，其实只需要其中的make相关的几个包就够了，不用整个二级目录都“install”。
Shells目录因为比较小，直接勾选上问题不大。
参考文章：
android-ndk-r7b编译环境Cygwin工具搭建及配置
ndk-build解压并配置
- 解压ndk压缩包
配置环境变量，在C:\\cygwin64\\home\\linyehui.bash_profile最后添加两行
export ANDROID_NDK_HOME=/cygdrive/c/android-ndk-r9c
export PATH=$ANDROID_NDK_HOME:$PATH测试ndk-build bash下直接测试下ndk-build命令，提示正常的话就是安装成功了。
小结
网上的教程挺多的，但没有一个写的特别明白，大多都是让你“全部安装”，或者勾选一大堆，用个cygwin要下载1～2G！这就像电脑开机有点慢，有人跟你说重装系统！！
写这个文章也是希望自己做每个事情都能认真的琢磨透，而不是为了达到目的敷衍了事，回头一遇到点小变化，就还得折腾很久，还不如一次搞定，这才是聪明的懒人。
转载来源:http://www.cnblogs.com/linyehui/p/config-cygwin-and-ndk-build.html